Dans la préface du Tome I, Bourgery présente ainsi le plan de l'ouvrage : « Dans l’état actuel de l’anatomie, il nous a paru qu’elle pouvait comporter quatre divisions principales : 1 l’énoncé de la forme et les propriétés physiques des organes, tels que la nature nous les présentes, ou l’anatomie descriptive ; 2 L’examen des rapports de ces mêmes organes entre eux, tant dans l’état de santé que dans l’état de maladie, en d’autres termes l’anatomie chirurgicale ; 3 L’étude spéciale des tissus, ou l’anatomie générale ; 4 L’histoire des modifications que subit la forme animale sous l’influence des causes physiques et morales : nous désignons cette dernière partie par le nom d’anatomie philosophique. L’ouvrage, lorsqu’il aura paru dans son entier, devra composer huit volumes. Les cinq premiers appartiendront à l’anatomie descriptive ; les 6 et 7 contiendront l’anatomie chirurgicale et le volume opératoire, le 8 comprendra l’anatomie générale et l’anatomie philosophique. »

« Le texte, pour cette section, devant être accompagné d’un très grand nombre de planches, afin de rendre facilement comparables entre elles toutes les parties de notre travail nous avons dû nous créer un type idéal de la forme la plus belle et du parfait développement de l’espèce, type d’après lequel toutes les figures seraient également représentées dans ce but, nous sommes convenu de décrire l’homme de race caucasique, d’une taille de cinq pieds, âgé de trente-trois ans, et doué des plus heureuses proportions. À son étude nous rattachons celle de l’enfant et du vieillard : en d’autres termes, c’est toujours le même individu idéal que nous décrivons tel qu’il a dû être et tel qu’il serait par les progrès de l’âge. La femme, qui n’est qu’un homme modifié pour l’accomplissement de certaines fonctions doit être décrite en même temps pour chacune des parties de son organisation qui offre des dissemblances.
Désireux de rendre notre ouvrage complet sans trop multiplier le nombre des planches, nous avons, en adoptant deux échelles différentes, pris un terme moyen qui nous permettra de renfermer un grand nombre de figures dans un même cadre. Pour l’anatomie descriptive, la tête, la main, le pied, les viscères, les organes génitaux seront représentés dans leur grandeur réelle : toutes les autres parties seront réduites à la proportion de demi-nature. Cette dimension, assez considérable pour bien représenter les détails, offre en outre, pour l’ensemble, l’avantage de pouvoir saisir d’un seul coup d’œil toutes les parties du dessin. Quant à ce qui concerne l’anatomie chirurgicale et les opérations les plus importantes ; afin de laisser dans l’esprit de nos lecteurs des images exactes, nous retracerons les objets dans leur dimension réelle, et nous donnerons dans une proportion réduite les procédés opératoires les moins usités. Enfin pour les détails d’anatomie fine et d’anatomie générale, nous ne nous astreindrons pas à faire un usage exclusif d’une échelle quelconque ; et, suivant le besoin, nous ferons dessiner les objets grossis à un plus ou moins grand nombre de diamètres.
Pour éviter aux lecteurs la fatigue et le désagrément de tourner sans cesse un grand nombre de feuillets, la description des figures, séparées du texte, sera toujours placée en regard de la planche à laquelle elle appartiendra. Cette description se composera de deux parties : la première exposera la disposition générale des dessins, en indiquant les parties qui ont été représentées, et donnant l’énumération de celles qui ont dû être enlevées ; la seconde partie aura pour objet l’explication des figures.
En terminant cette introduction, qu’il me soit permis de faire connaître ma véritable position à l’égard de mon collaborateur et ami M. Jacob.
Depuis que l’on publie des ouvrages scientifiques accompagnés de planches on a toujours appelé le livre du nom de l’auteur du texte, sans faire mention de l’artiste qui avait coopéré. L’écrivain lui-même regardait l’ouvrage dans son entier comme le sien propre : seulement, lorsque ses travaux et ses idées lui avaient paru convenablement représentés, il votait dans une préface quelques vagues remerciements aux artistes qui l’avaient aidé de leur talent. Cela peut être juste si l’auteur a été dans la nécessité de former ses dessinateurs ; mais il n’en est pas de même lorsqu’on emploie le talent tout acquis d’un artiste qui a fourni ses preuves de capacité. Cette dernière position et la mienne. L’ouvrage que nous publions, M. Jacob et moi, doit être considéré comme le produit des efforts combinés de chacun de nous en ce qui le concerne. Nous avons pris l’engagement de représenter en conscience ce qui nous paraîtrait le mieux, en nous aidant mutuellement des lumières l’un de l’autre. Ainsi, pour toute l’étendue de l’immense travail que nous avons entrepris, M. Jacob doit être considéré moins comme un auxiliaire doué d’un talent spécial que j’aurais utilisé que comme un collaborateur dans les bons avis m’auront souvent été utiles. Et si, dans le cours de nos publications, nous étions assez heureux pour que l’on applaudit à la composition de quelques unes de nos planches et à la manière dont y seraient présentés les objets, je préviens à l’avance nos lecteurs que je dois déjà beaucoup, sous ce rapport, à M. Jacob et que, indépendamment de l’effet pittoresque dû à son beau talent il ne sera jamais étranger au mérite de la disposition. »